8 октября 1992 года аэропорт Оренбург получил статус международного.
В 1993 году Оренбургский объединённый авиаотряд получил статус государственного авиационного предприятия.
В 1994 году Оренбургское госавиапредприятие стало членом ИКАО и вступило в ИАТА.
20 мая 2002 года ГУП «Оренбургские авиалинии» переименовано в ФГУП «Оренбургские авиалинии». Авиапредприятие эксплуатирует самолёты Ан-2, Ан-24, Як-40, Ту-134А, Ту-154Б, Ту-154М и вертолёты Ми-2, Ми-8Т(П) и Ми-8МТВ. АТБ авиапредприятия самостоятельно выполняет все виды технического обслуживания указанных типов ВС.